Michael, Lincoln, Sucre e Wiph si trovano su un gommone nel bel mezzo del Mediterraneo ma ben presto si fanno traghettare da una piccola barca diretta a Marsiglia, in Francia. Intanto, Sara viene tenuta in ostaggio da Jacob che, con il cellulare della donna, comunica a Michael che "Michael Junior" è sano e salvo. Il protagonista però, intuito l'inganno, capisce di dover tornare negli Stati Uniti. Dal momento che Michael è ricercato come terrorista Kaniel Outis, Lincoln contatta il figlio di John Abruzzi, con cui Barrows è indebitato, affinchè vengano portati a New York e promette di estinguere il proprio debito. Giunti nel luogo di incontro, riescono a far fuggire i mafiosi con il sostegno di Sheeba e C-Note. Attraverso un disegno di Mike (in realtà fatto da Poseidone), Michael e Linc. trovano il luogo in cui sono rinchiusi Sara e il bambino, ma, in realtà, è una trappola architettata dallo stesso Jacob. Lincoln viene ferito, seppur lievemente, dagli scagnozzi di Abruzzi, mentre Michael viene incastrato da A&W, travestita da Sara. Si scopre inoltre che Whip è il figlio sconosciuto di T-Bag e che Michael aveva progettato il loro incontro.